Направление подготовки Медицинского института в соответствии с лицензией на осуществление образовательной деятельности «лечебное дело». Форма обучения очная. Нормативный срок обучения — 6 лет. По окончанию обучения наряду с квалификацией (степенью) «специалист» присваивается звание врача по специальности «лечебное дело».

Второе направление подготовки «педиатрия». Форма обучения очная. Нормативный срок обучения — 6 лет. По окончанию обучения наряду с квалификацией (степенью) «специалист» присваивается звание врача по специальности «педиатрия».

В Медицинском институте реализуется система непрерывного медицинского образования специалистов здравоохранения по следующим программам: интернатура, клиническая ординатура, аспирантура, повышение квалификации и переподготовка врачей.

Ординатура — подготовка кадров высшей квалификации (3-я ступень высшего образования). Обучение в ординатуре проводится по 27 специальностям: акушерство и гинекология, аллергология и иммунология, анестезиология-реаниматология, гериатрия, дерматовенерология, инфекционные болезни, кардиология, клиническая лаборатория диагностика, клиническая фармакология, неврология, неонатология, общая врачебная практика, онкология, организация здравоохранения и общественного здоровья, оториноларингология, патологическая анатомия, педиатрия, психиатрия-наркология, рентгенология, сердечно-сосудистая хирургия, скорая медицинская помощь, терапия, травматология и ортопедия, транфузиология, фтизиатрия, хирургия, эндокринология.

Аспирантура — обучение ведётся по следующим направлениям: акушерство и гинекология, эндокринология, внутренние болезни, кардиология, психиатрия, педиатрия, кожные и венерические болезни, онкология, хирургия, гематология и переливание крови, общественное здоровье и здравоохранение, патологическая анатомия, патологическая физиология.

С момента своего образования в Медицинском институте прошли свое обучение 1055 интернов по 19 специальностям и 719 ординаторов по 27 специальностям.

Должности, на которые может претендовать выпускник последипломного этапа образования (ординатуры, интернатуры):

врач-педиатр, врач-акушер-гинеколог, врач-хирург, врач-лаборант клинической лаборатории, врач-анестезиолог-реаниматолог, врач скорой медицинской помощи, врач-травматолог-ортопед, врач-патологоанатом, врач-психиатр-нарколог, врач-онколог, врач-дерматовенеролог, врач-инфекционист, врач-невролог, врач-отоларинголог, врач-фтизиатр, врач-рентгенолог, врач-эндокринолог, врач-иммунолог, врач-кардиолог, врач-клинический фармаколог, врач-неонатолог, врач-трансфузиолог.